南科園區至今發現墓葬已超過千具，各時期的埋葬行為可從豐富的墓葬資料窺見一般。墓葬指人過世後，依照各個文化不同的習俗將遺體做埋葬或處理的動作。在處理的過程中，包括人骨本身、不同材質的葬具、陪葬物品、甚至是埋葬過程中進行的儀式動作等等，被包含在地層中保存下來。
墓葬：
每一個文化期的生命禮儀表現都不相同，例如大坌坑文化與牛稠子文化墓葬葬姿主要為頭向朝南仰身直肢；反映南北向、平形排列的聚落格式，在大湖文化，墓葬頭向朝北、仰身或俯身直肢。蔦松文化埋葬習俗以豎穴土坑、有陶容器陪葬置於頭旁、頭向朝北的仰身直肢葬為主。到了漢人進入臺灣，整個葬俗迴異於史前時代，乃是以三合土槨及木棺並堆冢來埋葬死者。除葬式外，陪葬品之內容也有早晚差異。
甕棺：
甕棺墓葬是史前時代以甕、罐一類陶器作葬具的墓葬形式，牛稠子文化與大湖文化時期常使用甕棺埋葬幼兒和少年；將孩童夭折後的屍骨放入陶甕中，蓋上蓋子，埋於地下。
甕棺
陶器：
每個時期陶器表現具有其特色，大坌坑文化有壓印紋飾與繩紋；牛稠子文化出土大型甕棺；大湖時期開始改變燒製方式以悶燒為主，所以多為灰黑色陶器；蔦松文化象徵金屬器時代，對陶器的製作較不精細，陶器器身有穿孔紐，以便穿繩攜帶收納。西拉雅文化開始有安平壺、青花瓷的出土文物，但陶器和瓷器為不同原料。明清漢人文化因為製糖產業需求，有了大型糖漏。
蔦松文化時期陶器，該時期陶器的製作較過去為不精細，陶器器身有穿孔紐，以便穿繩攜帶收納。
明清漢人文化時期，因為製糖產業需求，出土有大型糖漏。
玉器-人獸形玉器：
(一)南科園區出土的玉器主要為閃玉質製作而成，器形包括有玉錛、玉管珠以及玉環。
但未曾發現大量玉廢料，研判應該是由東部玉礦產地與製作工坊完成後，先進行粗胚的切割後，再交易至臺南地區，推
論與臺灣東部有著互動密切的關係。
(二)人獸形玉器在三寶埤遺址發掘時出土，從器形來看，長約81.37 mm，寬約20.29 mm，厚約3.22 mm，從造型來看，呈現單件型態，外型上亦人亦獸。本件玉器頭部上方，留有類似髮髻或帽冠之造型，乍看下本件玉器與其他地方出土人獸形玉器相似，但卻較為大型，腰部與腿部較為粗壯，精緻度不如卑南遺址出土的人獸形玉器，但尚無法判定此件玉器造型是否具有地方的特色。
石器-巴圖石斧：
(一)造形似湯匙形狀的中大型石器，長度 20 到 70 公分不等，表面光潤平滑，顏色大多是青黑色，形狀分薄平型和厚脊型兩種。
「巴圖（Patu）」這個名詞由紐西蘭毛利族而來，形狀類似飯匙或船槳的手持器物，有石、木、骨等各種材質，推論用來當作武器或祭祀用器具。
(二)巴圖形石斧為有刃石器的一種；刃部前端有軟性消耗痕，從柄部及刃部使用痕跡來判斷，應不是用作伐木等猛力砍擊方式的工具，很有可能用在農作栽培鋤地活動的耕作用具。
巴圖形石斧:為有刃石器的一種，很有可能用在農作栽培鋤地活動的耕作用具。
金屬器-準提佛母銅錢：
距今約二千年前，臺灣的史前時代開始進入金屬器時代，準提佛母銅錢為社內遺址出土文物，寬度約1.8公分、重0.6克，銅錢一面刻有「準提佛母」楷書，本錢幣與一般當時流行的方孔錢不同，中間為圓孔，應為特定用途之錢幣。另一方面，缺乏「方孔」、「周廓」，等典型錢幣特徵，故也有可能是做為刻載佛母聖名的宗教厭勝物。
骨角器-鹿角骰子：
社內遺址發現出土骨角器中，有4枚鹿角製作的骰子，與現今常用的骰子型態與點數標示方式完全相似。
骰子對西拉雅人是裝飾品還是賭具，是否也同漢人一起參與賭局，留給人們極大的想像空間。
