行政院1993年通過「振興經濟方案」並提出「增設南部科學工業園區」，於1995年05月核定南部科學工業園區籌設計畫（即臺南園區一期基地），2001年09月核定臺南園區二期基地，2020年04月核定臺南園區三期基地。
　　臺南園區一、二期位於臺南市新市、善化及安定三區之間，面積1,043公頃，主要產業為光電、積體電路、精密機械、生技及綠能等產業。2017年半導體領導廠商台積電公司，進行5奈米及3奈米先進製程建廠，打造全球規模最大的半導體產業製造聚落。結合既有園區綠能廠商及週邊學研機構，鏈結產學與沙崙智慧綠能科學城，共同打造「綠能科技創新產業生態系」。在光電部分，主要係以群創與瀚宇彩晶所形成的平面顯示器上下游聚落為核心，隨著智慧型手機及筆記型電腦的大量需求，觸控面板快速發展，南科已形成國內最重要之TFT-LCD產業聚落。
　　臺南園區三期擴建位於臺南科學園區特定區西南側看西農場，面積約85公頃，規劃引入半導體、智慧機械、精準健康及產業創新等產業，已於2023年06月提供廠商建廠。