時空背景
一、 大坌坑文化
(一)大坌坑文化距今5000~4200年前，為新石器時代早期文化，也是目前園區內最早的史前文化，位於園區東北角之南關里和南關里東兩處遺址。
(二)這個文化的居民擁有豐富的航海知識，廣泛利用海洋資源，遺址中處處可見當時居民食用後殘留的貝殼和魚骨；並將貝殼及動物骨骼製成工具及飾品。在遺址中也發現完整的狗骨骼，顯示當時人們已經懂得養狗。此外當時人們多將死去的親人埋葬於聚落附近，而且呈現頭部朝南，仰身直肢的埋葬習俗。
二、 牛稠子文化
(一)牛稠子文化距今4200~3300年前，在陶器製作上較為細緻，故又被稱為「細繩紋陶文化」或「繩紋紅陶文化」。此文化陶器的特色為表面上有細繩紋飾，以夾砂和質地細膩的紅陶為主。在右先方遺址的灰坑中發現大量炭化稻米、小米、豆科遺留，也出現大型的石犁與石刀，可見此時期農耕與植物資源的運用上已有高度的認識。
(二)在埋葬習俗上，發現墓葬採頭向朝南之仰身直肢葬，並發現當時使用大甕埋葬嬰兒遺骸，甕口朝南埋多採橫置之埋葬習俗。
三、 大湖文化
(一)大湖文化距今3300~1800年前；為南科園區內遺址數量最豐富的文化期，這個時期的陶器燒製方法跟形式與先前有所差異，以灰黑陶為其特色，器型以盆、罐、缽為主，帶有篦劃紋、篦刺紋。
(二)透過發掘出土的大量農業工具，可以推測食物的主要來源應該是農作物栽培活動為主，漁獵行為已經轉變為輔助，埋葬行為上，同樣見有甕棺，但罐體轉成直立狀，葬式主要為仰身直肢葬，頭向朝北而與先前朝南的情形有所不同。
四、 蔦松文化
(一)蔦松文化距今1800~500年前；在臺灣南部地區各地分布廣泛，以平原為主要的分布區域，臺南永康境內蔦松遺址作為這一時期的代表。相較於新石器時代，蔦松文化已進入鐵器時代，石器逐漸消失，出土有玻璃珠、玻璃環為此時期的特色。鐵器時代蔦松文化的遺址範圍面積也大，顯示不僅當時聚落領域大，人口數量也相對增加。
五、 西拉雅文化
(一)西拉雅文化距今約500-300年前。在漢人尚未大批移民拓墾之前，臺南平原為原住民西拉雅族主要活動地區，而園區恰位於該族的目加溜灣社和新港社間。當時原住民一方面延續使用先前蔦松期的紅褐色素面夾砂陶外，陶支腳多呈現為稜柱狀。
(二)另一特色即是見有可能透過交易取得的各式硬陶如安平壺、青花瓷；鐵器的數量增多；並利用雕刻穿孔的鹿角及玻璃珠、環等作為飾品。
六、 明清漢人文化
(一)明清漢人文化約距今300年前，隨著大陸漢人移民持續增加，加速了土地的開發與利用，臺灣開始出現漢人移民所帶來的新興產業技術與生活上所需的各種器物，漢人的物質文化與產業型態也逐漸取代了在地西拉雅人的生計方式。
(二)這段時期從中國引進耕種與製糖技術，之後數百年間，傳統漢人製糖技術蓬勃發展，成為臺灣代表性傳統經濟產業之一。
