行政院は1993年に「経済活性化プログラム」を認可、「南部科学園区増設」を提案し、1995年5月に南部科学園区の設立準備計画（台南園区第一期基地）、2001年9月に台南園区第二期基地、そして2020年4月に台南園区第三期基地の建設を承認しました。

第一期と第二期は、台南市の新市、善化および安定の3つの地域の間に位置し、面積は1,043ヘクタール、主な産業は、オプトエレクトロニクス、集積回路、精密機械、バイオテクノロジー、グリーンエネルギーなどです。2017年以降、大手半導体メーカーのTSMCが5nmと3nmの先端製造工場を建設したので、世界のトップメーカーの誘致により、世界最大の半導体製造クラスターをすることが期待されます。加えて、園区に既に立地しているグリーンエネルギーメーカー、および周辺の学術研究機関と連携することで、産業界、学界および沙崙グリーンエネルギーサイエンスシティをリンクした、「グリーンエネルギー技術革新産業エコシステム」を共同で構築します。

オプトエレクトロニクス分野では、主にイノラックス（Innolux）とハンスター（HannStar）とで形成するフラットパネルディスプレイの上流と下流のクラスターがコアになります。スマートフォンやノートパソコンの大きな需要によるタッチパネルの急速な発展に伴い、現在、南部科学園区にはHannstouchとInnoluxのタッチパネル工場があるので、園区内のTFT-LCDクラスター関連のコンポーネント、材料、設備メーカーなどのサポートによって、上流と下流のサプライチェーンが完成し、台湾国内で最も重要なTFT-LCD産業クラスターを形成します。

増設の第三期は、園区の特定エリアの南西側に位置している看西農場です。面積は約85ヘクタールで、半導体、スマートマシナリー、精密健康、イノベーション産業などの産業を誘致し、産業クラスター効果を発揮すべく、2023年7月から企業に工場建設の敷地を提供開始する予定です。