南部サイエンスパークは台南園区、高雄園区、橋頭園区、屏東園区、嘉義園区、楠梓園区の六つを管轄する。台南園区の面積は1,043ヘクタールで、台南市新市区、善化区、安定区に跨っている。台南園区拡大計画三期の面積は85ヘクタールで、台南園区の南西側に位置します。高雄園区の面積は567でヘクタール、高雄市路竹区、岡山区、永安区に跨っている。橋頭園区の面積は262ヘクタール、高雄市橋頭区、燕巣区に跨っています。屏東園区の面積は約74ヘクタールで、屏東台湾高鉄特区内にあります。嘉義園区の面積は約88ヘクタールで、嘉義県太保市太保農場内にあります。楠梓園区は高雄市楠梓区に位置し、総面積は 175.3 ヘクタールがあります。「一括計画で、段階的に導入する」方式を採用し、2024年06月01日に楠梓産業園区の土地29.83ヘクタールを第一段階で導入します。
行政院が1991年に発表した「国家建設六年計画」における「新設科学工業園区」の構想により設立が確定されました。その後1993年には「経済振興方案」が通り、同時に「南部科学工業園区の増設案」が提出された結果、1995年 05月に南部科学工業園区設立計画(台南園区第1期基地)が認可され、南台湾はここからハイテクノロジー産業の発展に向けて大きな一歩を踏み出しました。
2000年の景気好況により、台南園区一期の工業用地の80％以上もすでに賃貸契約済み、その上、企業の問い合わせは絶えない。一方、半導体、薄膜トランジスタ液晶(TFT-LCD)産業には広い土地の需要がある。このような経済的な状況を踏まえて、景気の追い風に乗って、台湾糖業株式会社が高雄市路竹区にある所有地を開発した知恵型工業園区に行政院は2000年05月に南部サイエンスパーク路竹園区の使用許可の意向を示し、2001年04月06日に決定した。

南部サイエンスパーク台南園区一期基地からおよそ1キロ離れた場所に台湾高鉄が通る予定はあった。半導体製造装置は振動に対して繊細であるので、その脅威を避けるため、政府は早急に園区範囲の拡大及び新設園区の計画を固めた。

南部サイエンスパークが構築している産業クラスターの成果を広げ、より広域的な発展を目指し、屏東及び嘉義科学園区新設計画を2022年01月03日に行政院が決定、推進。南台湾テクノロジー産業ロードの構築を強く進み、地域経済を強化した。
1991年01月01日　「国家建設六年計画」において、「新設科学工業園区」の構想を行政院が確認。
1993年07月01日　第2,388回行政院定例会議にて「増設南部科学工業園区」を「振興経済方案」に盛り込んだ。
1995年02月　行政院の決議によって「南部科学工業園区」（範囲は現在南科台南園区一期基地）の設置を決定。
1995年05月　「南部科学工業園区」新設計画を決定。
1997年07月08日　「台南科学工業園区開発籌備処」が成立。投資の誘致、園区の開発事業、運営等業務を受け持つ。
2000年05月　2000年05月　台湾糖業株式会社が高雄市路竹区にある所有地を開発した知恵型工業園区に行政院が南部サイエンスパーク路竹園区用地の使用許可の意向を示す。
2001年04月06月　上記事項を決定。
2001年05月17日　2001年05月17日　行政院長張俊雄は南科視察の際に、台湾高鉄がもたらした振動の影響を避けるため、台南園区二期目の開発を早急に着手すべきだと指示。
2001年09月19日　行政院が台南園区二期拡大計画を決定。
2003年01月25日　組織改正に伴い、「南部科学工業園区管理局」に格上げ。
2004年07月27日　路竹園区を高雄園区に改称。
2014年03月03日　科技部の新設に伴い、「科技部南部科学工業園区管理局」と改称。
2018年07月03日　行政院「加速投資台湾専案会議」の12回目会議で、行政院は高雄第二園区（橋頭）及び南部科学園区敷地の拡大の必要性を強調。
2019年12月11日　科技部組織法の施行に伴い、「科技部南部科学園区管理局」と改称。
2019年12月06日　「南部科学園区高雄第二（橋頭）園区新設計画」決定。
2020年04月24日　「南部科学園区台南園区増設計画」決定。
2022年01月03日　屏東及び嘉義科学園区新設計画の決定。
2022年07月27日　2022年07月27日　科技部から国家科学及技術委員会への名称変更及び組織改正に伴い「国家科学及び技術委員会南部サイエンスパーク管理局」と改称。
2023年07月14日　将来を見据えた半導体開発への需要に積極的に対応し、台湾半導体産業の競争優位性を強化するために、楠梓園区の設立計画は、「一括計画で、段階的に導入する」を採用して、2023年07月14日に行政院によって承認されました。
2024年06月01日楠梓産業園区を南部サイエンスパーク拡張の第一段階である高雄第三園区(楠梓園区) に組み込まれ、園区内で単一窓口の管理サービスを提供します。