內政部核定台南科學工業園區特定區開發範圍3,299公頃。
1999年12月09日
已有9家銀行、海關、關稅局、郵局進駐。
1999年12月01日
籌備處主任黃文雄調任科學工業園區管理局局長。 財團法人奇美醫院南科聯合診所開幕。
1999年10月01日
工業區高架水塔完工啟用。
台南科學工業園區路名完成。
園區科學工業同業公會南科辦事處進駐。
1999年09月27日
經濟部中小企業創新育成中心培育大樓動土。
1999年09月09日
總統李登輝蒞臨台南科學工業園區視察。
內政部區域計畫委員會有條件同意台南縣政府申請「新訂台南科學工業園區特定區計畫」，未來開發面積由1,928公頃增加至3,299公頃，全案並由台南縣政府以自有財源逕行開發。
1999年05月31日
台鹽公司有機感光鼓投資案通過審查，成為第一家核准量產的國營事業。
1999年05月22日
籌備處自科學工業園區管理局開始接手園區廠家投資審查業務。
1999年05月15日
行政院核定修正台南科學工業園區開發籌備處暫行組織規程，編制員額62人。
1999年05月12日
行政院院長蕭萬長指示園區特定區面積將由現行的1,928公頃擴大為3,299公頃，列為擴大計畫區域的農地也將立即限建農舍。
台灣應用材料公司動土典禮，成為第一家進駐的外商公司。
內政部區域計畫委員會通過國科會建議，同意再增加400公頃作為園區二期基地。
1999年04月16日
成立台南科學工業園區勞工安全衛生促進會。
1999年03月31日
已有33家廠商完成租地簡報，其中23家取得土地、15家開始起租、4家中途撤租、7家申請延後進駐或觀望中，園區實際可出租土地面積只剩70餘公頃。
1999年01月04日
高雄關稅局南科支局籌備處進駐園區標準廠房。
