南科管理局2006年績效獎金實施計劃執行成果經國科會評定為所屬科學園區之特優。
2006年12月21日
南科管理局榮獲全國縣市兩性平等工作業務評鑑第三級區第一名及勞工退休業務績效評鑑第三級區第二名之殊榮，接受行政院勞工委員會李應元主委公開表揚。
2006年12月19日
高雄園區「中央研究院南部生物技術計畫研究中心溫室」啟用。
2006年12月15日
臺南園區行政服務區地下停車場暨中央廣場開放使用。
2006年11月14日
南科管理局高雄園區辦公室、產學創新中心、工研院數位家庭與數位電視驗證實驗室與FTTx+PLC寬頻服務示範建置計畫舉行聯合開幕典禮。
2006年11月06日
「產學創新中心」委託營運得標廠商財團法人成大研究發展基金會正式進駐高雄園區。
2006年10月25日
台南縣暨南部科學工業園區毒性化學物質災害應變器材展示及實兵演練、啟用「緊急應變決策支援專家系統」。
2006年10月19日
陳水扁總統暨薩爾瓦多總統薩卡閣下伉儷參訪南科。
2006年10月17日
高雄園區首家進駐生技醫療器材產業專區之王纏科技公司開工動土典禮。
2006年10月16日~21日
與台南縣政府共同辦理赴日招商說明會暨參觀日本橫濱FPD展。
2006年10月16日
長亨精密股份有限公司高科分公司動土典禮。
2006年10月16日
科學工業園區同業公會南部園區企劃管理委員會轉型改名為企劃行銷暨公共事務委員會，舉行成立大會。
2006年10月14日
陳水扁總統訪視南科高雄園區。
2006年10月04日
台達電公司獲内政部頒2006年最佳優良綠建築大獎。
2006年09月08日
南科臺南園區「新港堂」竣工茶會。
2006年09月07日~17日
2006年度行政院延攬海外科技人才訪問團－美國攬才暨招商活動(矽谷、洛杉磯、波士頓、紐約)。
臺南園區資源再生中心榮獲2006年「傑出環保工程獎」。
2006年8月22日
「國立南科國際實驗高級中學」揭牌典禮。
2006年08月22日
南科管理局新任陳俊偉局長及卸任局長戴謙博士(現任國科會副主委)交接典禮。
2006年08月01日
「國立南科國際實驗高級中學」正式設校。
財政部高雄關稅局南科支局籌備處高雄園區辦事處正式進駐。
2006年07月20日
南科緊急應變決策支援專家系統獲行政院頒發「安全衛生傑出研發成果推廣獎」。
2006年07月12日
「南科健康生活館委託民間參與經營」計畫獲行政院促參推動委員會頒發95年「民間參與公共建設案件」工作團隊績效卓著獎。
2006年07月03日
內政部核發變更許可，變更南部科學工業園區高雄園區細部計畫-第四次變更
教育部核定「國立南科國際實驗高級中學」於08月01日正式成立。
2006年06月20日
美國阿肯色州州長哈克比(Mr. Mike Huckabee)參訪南科
2006年06月18日~25日
赴德國及瑞士醫療器材暨手術器械聚落參訪及招商。
2006年06月04日
參加於芬蘭赫爾辛基舉行之2006 IASP年會暨歐洲招商訪問。
2006年05月20日
港香蘭應用生技公司廠房動土典禮。
2006年05月20日
南科一日體驗營－400學子深入體驗南科。
2006年05月11日
鑫科材料公司新廠落成啟用典禮。
2006年05月05日
呂秀蓮副總統暨科技諮詢委員會視察高雄園區。
2006年05月04日
「南科社區中心委託民間參與經營」計畫獲行政院促參推動委員會頒發95年「民間參與公共建設案件」工作團隊績效卓著獎。
2006年04月24日~29日
赴日本橫須賀電信研究園區(YRP)參訪與WTP電信展覽會參展。
2006年04月19日
第一銀行進駐高雄園區開幕營運。
2006年04月18日
「國立南科國際實驗高級中學」籌備處成立揭牌儀式。
2006年04月17日
臺灣銀行進駐高雄園區正式營運。
2006年04月15日
奇美電子公司高雄園區廠房動土典禮。
日本德洲會來訪並與本局簽署友好合作備忘錄(MOU)。
2006年03月08日
大億科技公司南科二廠動土興建典禮。
2006年02月16日
與華圓管理顧問有限公司簽訂「南科社區中心委託民間經營合約」。
2006年02月10日
南科管理局網站取得政府無障礙最高等級AAA認證標章。
2006年02月07日
台灣尼康公司於臺南園區成立技術研發服務中心。
2006年02月03日
南科臺南園區開始執行違規車輛拖吊保管作業。
2006年01月16日
台灣精微材料公司高雄園區第一期建廠動土典禮。
2006年01月11日
保警分隊進駐高雄園區揭牌儀式。
2006年01月02日
北儒精密科技公司臺南園區建廠動土典禮。
