現在、台南園区では環境対策として以下の施設を有しています:
一、台南園区汚水処理場
南部サイエンスパーク台南園区の雨水と汚水の収集は分流システムを採用しています。園区で収集された雨水は雨水収集管に集められ、遊水池を経てから大洲排水によって塩水渓に放流されます。各規制対象の企業者から排出された工業廃水及び生活排水は、下水管きょによって台南園区汚水処理場に集められ、排出基準まで処理された後で塩水渓に放流されます。同時に、台南園区の汚水処理施設の安定稼働を確保するため、園区内の各管理対象事業における工業廃水は、排出基準値に適合するように処理された後にのみ、下水道システムに排出することが認められます。
二、台南園区資源再生センター
資源再生センターは、有害事業廃棄物と一般産業廃棄物を処理するための総合廃棄物処理施設で、焼却炉、有用物化処理施設、固化処理施設、埋め立て処理場などを有しています。有害廃棄物及び一般業務廃棄物処理などの多目的施設を備えています。主に園区内の事業所が排出した固形廃棄物、有機溶剤、有機汚泥などを受け入れ、合法的かつ適切にこれを処理しています。
三、環境モニタリング施設
管理局では環境に関する各種モニタリング作業を通じて園区及び周辺の空気、水質、騒音、汚染物質の排出状況などを把握し、これらの数値が環境部の定める基準値をクリアしているか適宜チェックしています。自動空気品質監視ステーション4箇所及び地下水観測井を設置しています。